Methods in biotechnology

A.A. 2019/2020
10
Crediti massimi
120
Ore totali
SSD
AGR/07 AGR/11 AGR/12
Lingua
Inglese
Obiettivi formativi
The course is subdivided in 3 modules. The goal is to acquire knowledge and operational competencies in genomics, functional genomics and applications to plant improvement and to molecular taxonomy.
Risultati apprendimento attesi
The student will acquire competencies in generating and analyzing data through the genomics and functional-genomics techniques. The student will be able to plan experiments using genomic sequencing, gene expression analyses, and their integration with metabolomics and proteomics. The student will be able to understand and apply knowledge in molecular taxonomy.
Programma e organizzazione didattica

Edizione unica

Responsabile
Periodo
Primo semestre
Programma
Sezione 1. Tassonomia molecolare.
- Applicazioni di tassonomia molecolare, dalla sicurezza alimentare alla biodiversità e al biomonitoraggio;
- Principi e metodi nella tassonomia molecolare;
- Estrazione del DNA e altri matrici ambientali in ambito agri-food;
- DNA barcoding e metabarcoding: da singolo organismo a comunità;
- Sequenziamento NGS e metabarcoding;
- Marcatori singoli o multipli
- Database di riferimento e costruiti ad hoc;
- Le esercitazioni hanno lo scopo di insegnare la pianficazione di esperimenti in ambito tassonomico, incluse competenze informatiche e bioinformatiche
Sezione 2. Genomica.
- Tecniche ed approcci della genomica, esomica e epigenomica;
- Strategia per il sequenziamento ed assemblaggio di genomi (vegetali);
- Struttura ed evoluzione dei genomi vegetali;
- Applicazioni della genomica al miglioramento genetico vegetale;
- Le esercitazioni (anche su piattaforma informatica) hanno lo scopo di insegnare ad impostare esperimenti di genomica ed analizzare dati di sequenziamento
Sezione 3. Genomica funzionale.
- Tecniche ed approcci allo studio e modulazione dell'RNA;
- Strategie per la modificazione dei genomi;
- Integrazione tra omiche e analisi dei dati;
- Le esercitazione portano al gene targeting, analisi dell'espressione dell'RNA, e omiche per la modulazione delle funzioni biologiche.
Prerequisiti
Lo studente può apprendere con maggiore efficacia se è in possesso di cognizioni di biologia molecolare, genetica molecolare (marcatori molecolari e loro uso), di chimica organica e biochimica.
Metodi didattici
Il corso è articolato in lezioni e esercitazioni, anche usando piattaforme informatiche. Sono condotte simulazioni di esperimenti. In base alla interazione che si sviluppa con gli studenti ed al loro numero, potrebbe essere offerta una visita didattica.
Materiale di riferimento
Le slide (in inglese) sono fornite durante il corso, e contengono testo esplicativo; inoltre, gli studenti trovano sul sito ARIEL del corso i materiali didattici (articoli e testi). uggested text books:-Genomes (T.A. Brown, 2018); Molecular Plant Taxonomy - Methods and Protocols. Ed. Pascale Besse. Humana Press, 2014.-Environmental DNA for biodiversity research and monitoring. P. Taberlet, A. Bonin, L. Zinger, E. Coissac. Oxford University Press, 2018
Modalità di verifica dell’apprendimento e criteri di valutazione
Lo studente può sostenere l'esame in forma orale. L'esame consiste di una presentazione di 15 minuti di un articolo (o più articoli), che saranno concordati con i docenti. Ulteriori 15 minuti sono dedicati a 3 domande riguardo l'intero programma. Alternativamente, lo studente può sostenere l'esame orale compost da 4 domande per ognuna delle principali sezioni del corso (totale 12 domande).
Moduli o unità didattiche
Functional genomics
AGR/07 - GENETICA AGRARIA - CFU: 0
AGR/11 - ENTOMOLOGIA GENERALE E APPLICATA - CFU: 0
AGR/12 - PATOLOGIA VEGETALE - CFU: 0
Esercitazioni: 8 ore
Lezioni: 24 ore
: 8 ore
Docente: Pasquali Matias

Genomics
AGR/07 - GENETICA AGRARIA - CFU: 0
AGR/11 - ENTOMOLOGIA GENERALE E APPLICATA - CFU: 0
AGR/12 - PATOLOGIA VEGETALE - CFU: 0
Esercitazioni: 32 ore
Lezioni: 8 ore

Molecular taxonomy
AGR/07 - GENETICA AGRARIA - CFU: 0
AGR/11 - ENTOMOLOGIA GENERALE E APPLICATA - CFU: 0
AGR/12 - PATOLOGIA VEGETALE - CFU: 0
Esercitazioni: 16 ore
Lezioni: 8 ore
: 16 ore

Siti didattici
Docente/i
Ricevimento:
martedì 9:00 - 12:00, previo appuntamento
Via Celoria, 2 - Edificio 21070 - secondo piano, ufficio 2010
Ricevimento:
su appuntamento
R056 (via celoria 2)
Ricevimento:
Mercoledi 10-12
DISAA - Biblioteca